2006年1月5日，指挥部在大会议室召开2005年总结表彰大会，全体职工参加。会议由王刚副总指挥主持，张振邦副总指挥代表领导班子作了《市地铁建设指挥部二○○五年工作总结和二○○六年工作安排》报告；仝学让总工程师宣读指挥部《关于表彰二○○五年度先进集体和先进工作者的决定》，根据全体职工民主推荐意见，指挥会议研究决定：授予总工办、工程处"2005年度指挥部先进集体"称号，授予陈涛、高云胜、张锐、秦建明、宫起胜、巴放、师俊杰、张宏纲、王又红、孙佩国10名同志 "2005年度指挥部先进工作者"称号；最后佟晶石总指挥作重要讲话。
2006年1月14 日，由沈阳市地铁建设领导小组办公室、沈阳市地铁建设指挥部、沈阳地铁有限公司主办的沈阳地铁官方网站正式开通。沈阳地铁网站英文国际域名为"www.symtc.com"，通用网址为"沈阳地铁"。
2006年1月27日晚，指挥部在高登酒店举行新春职工家属答谢酒会，感谢家属们一年来对地铁事业的支持。
2006年3月6日上午，省委常委、市委书记陈政高、市长李英杰率队拜会国家发改委办公厅主任师荣耀、投资司司长杨庆蔚。并就沈阳地铁建设情况向其作以汇报。市委常委、常务副市长赵长义、副市长邢凯，市政府办公厅主任张景辉，副秘书长佟晶石、市发改委主任汪涛陪同。
2006年3月7日上午，指挥部佟晶石总指挥、张振邦副总指挥拜会国务院办公厅秘书二局局长潘良，并就沈阳地铁建设情况向其作以汇报。
2006年3月19日，市建委、市科技局、地铁有限公司联合在天宝酒店组织了《沈阳市地铁地一号线一期延伸线工程客流预测》和《沈阳市地铁二号线一期工程客流预测》评审会，邀请了以建设部城市交通工程技术中心总工程师马林为组长的5人专家组对一号线延伸线客流预测报告和二号线客流预测报告进行了审阅，听取了报告编制单位铁三院和清华大学交通研究所的汇报，形成了专家意见，认为预测结果基本可信，可以作为工程可行性研究和设计的依据，并对平均运距和换乘客流等提出了宝贵的建议。
2006年3月22日，佟晶石副秘书长、张振邦副总指挥赴国家发改委上报地铁一号线延伸线工程审批手续。
2006年4月1日-2日，以俄罗斯外交部领士司副司长Pldelyshev Andrey先生为团长的俄罗斯代表团和我外交部官员一行8人来沈，就苏军纪念碑迁移与沈阳市政府商谈。市地铁建设指挥部总指挥佟晶石、副总指挥王刚参加了此次会谈。
2006年4月12日下午，市人大副主任李中鲁、汪宙及财经委、环资委部分委员和人大代表，视察地铁工程建设情况。视察结束后，在指挥部三楼会议室，指挥部总指挥佟晶石同志向人大领导汇报地铁工程情况。汇报会由市政府副市长邢凯主持。
2006年4月20日上午，在辽宁人员会堂召开沈阳市先进集体和劳动模范表彰大会。市地铁建设指挥部被评为市先进单位，指挥部陈涛同志被评为市劳动模范。
2006年4月24日上午，在沈阳日报报业集团会议室召开沈阳市地铁建设指挥部、沈阳日报报业集团"联合创办沈阳地铁专刊、《沈阳地铁报》"新闻发布会。市委宣传部副部长高同宇、市地铁建设指挥部总指挥佟晶石、沈阳日报报业集团总裁、党委书记张东毅、地铁指挥部副总指挥张振邦、沈阳日报报业集团副总裁、总编辑梁利人、沈阳日报报业集团沈阳今报社社长、总编辑薛柏鸥参加新闻发布会。地铁指挥部总指挥佟晶石在会上致词。
2006年4月25日-26日，指挥部张振邦副总指挥赴国家发改委跟踪地铁一号线延伸线审批事宜，其间在国家发改委拜会了发改委副主任姜伟新、发改委办公厅主任师荣耀及投资司李司长等领导。
2006年4月29日下午，地铁指挥部在沈阳军区军人俱乐部八一剧场召开"沈阳地铁工程建设劳动模范"表彰大会，指挥部授予胡勇等32名同志为沈阳地铁工程建设劳动模范荣誉称号。
2006年5月13日，沈阳地铁一号线一期延伸线工程获国家发改委批准。
2006年5月18日上午，李英杰市长、赵长义常务副市长、邢凯副市长、市长助理王广利、秘书长马占春、市政府办公厅主任张景辉，副秘书长董文秋、张中华视察地铁一号线线路及部分施工建设现场并在地铁指挥部三楼会议室听取佟秘书长关于地铁工程建设进展情况汇报。指挥部张振邦、王刚、仝学让、陈涛，岳红旗陪同视察并参加汇报。
2006年5月30日，《沈阳市地铁一号线及延伸线工程车辆和信号系统招标文件》由省发改委工业处调研员程增华、市发改委工业处副处长王庆、地铁指挥部副总指挥王刚报送国家发改委审核。
2006年6月5日，地铁二号线可行性研究报告正式报送国家发改委。
2006年6月10日，中国安全生产科学研究院院长刘铁民应沈阳市地铁建设指挥部邀请在市建委三楼会议室作了沈阳地铁工程安全生产报告，指挥部全体同志及地铁各参建单位代表参加了报告会。
2006年6月16日-17日，辽宁省发改委委托辽宁省国际工程咨询中心在沈阳市绿岛宾馆组织召开了《沈阳市地铁一号线一期延伸线工程初步设计》审查会议。会议共邀请了国内15位城市轨道交通工程设计、施工和运营管理领域的知名专家组成专家审查组，辽宁省发改委、省建设厅，沈阳市发改委、市建委、市财政局、市规划局、市人防办、市城建局、市文化局、市消防局、市交警支队、铁西区政府等有关部门、单位的领导和代表也出席了会议。作为地铁建设单位的沈阳市地铁建设指挥部和设计总体总包单位的铁道第三勘察设计院的领导及代表也参加了会议。
2006年6月30日，国家发改委正式委托上海市隧道工程轨道交通设计院为沈阳地铁二号线一期工程可行性研究报告进行评估。
2006年7月31日，沈阳市地铁一号线一期延伸线工程初步设计获省发改委批复。
2006年8月2日上午9时，沈阳地铁科普馆正式开馆，市地铁建设指挥部副总指挥王刚，沈河区滨河街道办事处张国儒书记、孙敬众主任以及辽宁电视台、沈阳电视台、沈阳今报等媒体参加了开馆仪式。
2006年8月5日-6日，在友谊宾馆召开沈阳地铁二号线一期工程环境影响报告书技术评估会。参加会议的有国家环保总局、辽宁省环保局、辽宁省建设厅、辽宁省环境工程评估中心、沈阳市环保局、建设单位沈阳市地铁建设指挥部、设计单位北京城建设计研究院、评价单位中国环境科学研究院和辽宁省环境科学研究院的代表和专家共30人。
2006年8月9日-12日，在沈阳宾馆召开沈阳地铁二号线一期工程可行性研究报告评审会。并邀请了北京、上海、哈尔滨等地15名专家组成专家组，对可研报告进行了评估。沈阳市邢凯副市长、辽宁省发改委、省建设厅、省水利厅、省环保局、沈阳军分区、沈阳市发改委、市经贸委、市建委、市地铁建设指挥部、市财政局、市规划和国土资源局、沈阳地铁有限公司等四十二个单位和部门及可研报告编制单位的领导及代表出席了会议。
2006年8月9日，市人大副主任汪宙视察地铁一号线施工现场并听取指挥部关于工程进展情况的汇报。市人大环境与资源保护城乡建设委员会主任佟兆林、副主任汪惠权、宛英，地铁指挥部副总指挥张振邦、陈涛陪同视察。
2006年8月11日，市委书记陈政高视察地铁一号线小什字街站施工现场并参观沈阳地铁科普馆，听取了佟晶石总指挥关于工程建设进展情况的汇报。市委常委常务副市长赵长义、市委秘书长顾春明、副市长邢凯、市政府秘书长张景辉、市委副秘书长吴世元，地铁指挥部副总指挥张振邦、王刚、陈涛陪同视察。
2006年8月23日，市委书记陈政高拜会国家发改委副主任姜伟新，并汇报沈阳地铁建设进展情况。地铁指挥部总指挥佟晶石、市发改委主任汪涛陪同。
2006年8月24日，地铁建设指挥部组织全体工作人员和各参建单位主要负责人150余人，参观辽宁省反腐倡廉警示教育基地，集中开展一次反腐倡廉警示教育活动。
2006年8月29日-30日在沈阳宾馆召开了《沈阳市地铁二号线土建一期六站五区间初步设计方案》预评审会议，对由北京城建设计研究总院等五个设计单位编制的《初步设计方案》进行了审查。 省发改委、市发改委、市财政局、市建委、市规划局、浑南新区管委会等有关部门、单位的领导，以及北京城建设计研究总院、中铁隧道勘测设计院有限公司、天津市市政设计研究院、沈阳市市政工程设计研究院、中煤国际工程集团沈阳设计研究院和沈阳市地铁建设指挥部的领导、代表参加了会议。
2006年9月14日，沈阳市地铁二号线一期工程环境影响报告书获国家环保总局批复。
2006年9月16日，佟晶石总指挥向市人大常委会汇报地铁工程建设情况。
2006年9月21日，沈阳市地铁二号线一期工程建设用地预审意见获国土资源部批准。
2006年9月22日-24日，在沈阳建筑大学体育中心举行沈阳市城建系统第二届"地铁杯"乒乓球赛。
2006年10月10日，省发改委主会仲跻权、市政府副秘书长佟晶石赴京，就沈阳地铁二号线可研审批事宜拜会国家发改副主任姜伟新。
2006年11月3日-4日在沈阳市天宝酒店主持召开了沈阳市地铁一号线一期工程优化设计方案评审会，对沈阳市地铁一号线一期工程初步设计专家评审后的执行情况及方案优化情况进行了审查。会议邀请了北京、广州、沈阳、洛阳等国内9位地铁工程设计、施工、运营管理的知名专家组成专家组，省发改委、市发改委、沈阳市地铁建设指挥部等单位的领导及铁道第三勘察设计院等设计代表参加了会议。
2006年11月8日上午，市政府常务副市长赵长义就地铁二号线立项事宜拜会国家发改委副主任姜伟新，市政府副秘书长、地铁指挥部总指挥佟晶石同志陪同。
2006年11月11日，沈阳市地铁二号线一期工程可行性研究报告获国家发改委批准。
2006年11月18日，沈阳地铁二号线工程开工奠基仪式，在浑南新区沈阳国际会展中心车站施工现场举行。省委书记、省人大常委会主任李克强出席奠基仪式并下达开工令。省长张文岳，省委常委、市委书记陈政高致词。省政协主席郭廷标、市人大常委会主会崔文信、市政协主席赵金城出席。市委常委、常务副市长赵长义主持奠基仪式。开工奠基仪式上，李克强、张文岳、郭廷标向施工单位代表授旗。旗面寄语是：建好地铁，造福百姓。省有关部门领导，市领导苏宏章、刘雅琴、顾春明、汪宙、邢凯、刘和、金厚家，市直各委办局、各区县（市）及开发区有关负责同志，全市各界代表共2000余人出席开工奠基仪式。
2006年12月3日，沈阳地铁车辆段工程奠基仪式，在地铁一号线西延线十三号街部施工现场举行。市政府副秘书长、市地铁建设指挥部总指挥佟晶石同志下达开工令。铁西区常务副区长王一兵、中铁四局党委副书记咨保同致词。市地铁建设指挥部副总指挥王刚介绍工程概况。奠基仪式由市地铁建设指挥部副总指挥张振邦同志主持。市地铁建设指挥部副总指挥陈涛、纪检组长赵旸、总工程师仝学让，顾问邱光宇、葛德良、卢永发，地铁指挥部全体职工及参建单位人员参加奠基仪式。
2006年12月27日，指挥部在大会议室召开2006年总结表彰大会，全体职工参加。会议由赵旸书记主持，张振邦副总指挥代表领导班子作了《市地铁建设指挥部二○○六年工作总结和二○○七年工作安排》报告；王刚副总指挥宣读指挥部《关于表彰二○○六年度先进集体和先进工作者的决定》，经各处室民主推荐，指挥会议研究决定：授予办公室（监察处）、计划处、工程处（一处、二处）、设备处"2006年度先进集体"称号；授予宋林林、刘卓、岳红旗、高云胜、德朋、宫起胜、刘爽、王又红、曹毅、李海锋、马颖、曹明旭、王晓荣、王炳军、王兴宇、王丽杰、徐楷、王大魁18名同志"2006年度先进工作者"称号。授予地铁资金管理处、地铁建设审计处"2006年度特殊贡献集体"称号。授予王永明、张宏伟、王文革、牛俊强、孙景源、韩海涛、何彩云7名同志"2006年度特殊贡献奖"。最后佟晶石总指挥作重要讲话。